第三，公立医院体制效率有待提高。主要表现在药品占收入比例过高的“以药养医”现象和给医生薪酬过低，造成医生靠药品回扣来赚取灰色收入，造成“看病贵”问题。公立医院收入中药品加成占比过高，整个体制缺乏效率。中国公立医院收入构成中，药品收入占42%，住院收入占33%，门诊收入占16%，国家财政补贴占7%（见图4-2）。
图4-2 2003～2008年我国医院收入比重
资料来源：2009年中国卫生统计年鉴.
公立医院给医生的薪酬过低，缺乏良好的激励机制。在公立医院的支出中，中国给临床医务人员的薪酬支出占医院总支出的27%，在美国等发达国家这一数字都在60%以上（见图4-3）。医院给医务人员的薪酬过低，缺乏有效的激励机制，使得很多医生收取药品、医疗器械的“回扣”赚取灰色收入。在欧美等发达国家无论是非营利性医院还是营利性医院，给医生的薪酬非常高，加上监管和处罚措施严厉，使得大多数医生不会铤而走险。中国近年来加强了对于医生收取商业贿赂的监管，由于没有解决医生薪酬的本质，收取回扣现象仍然存在。