修昔底德见安菲玻里城陷，便按照最初的设想，迅速进驻安菲玻里附近的另一据点爱昂。他积极组织要塞的防御，并将从安菲玻里平安撤出的雅典人收编到自己的队伍中。随后他击退了伯拉西达斯从陆海两个方向的进攻。至此他本人再次从书中隐去，但他指出安菲玻里的失陷一度在雅典造成了很大的恐慌，因为该城的丧失不仅阻断了雅典的木材供应来源，而且造成雅典在当地的附庸国家争先恐后地投向斯巴达阵营。因此，安菲玻里解围的失败对于战争中的雅典来说是一个严重的挫折，必须有人为此受到惩罚，而惩罚的对象正所谓驰援不利的修昔底德。他在书中自述：“我在指挥安菲玻里的军事以后，曾被放逐而离开本国20年。”[186]我们无法确知修昔底德是在雅典公民大会审判他之后被处以流放的，还是在爱昂守卫战之后自觉若回国有生命危险而擅自亡命海外的。从20年的流亡生涯来看，多半是见势不妙而乘机逃亡，因为雅典陶片放逐法规定的放逐时间是10年，如果经过公审被处以放逐的话，执行的时间最多10年。而修昔底德20年流亡不敢归国，多半系因非法离去、罪上加罪的缘故。