国藩创建水师，凡枪炮刀锚之模式，帆樯桨橹之位置，无不躬自演示，殚竭思力，不惮再三更制，以极其精。初次出师援岳州，援长沙，皆不利。世俗不察，交口讥议，甚者加意侵侮。当是时，势力既不行于州县，号令更难信于绅民，盖不特筹饷筹防事事掣肘已也。
曾国藩引咎
当时曾国藩的境遇确实如此艰难。曾国藩也自引诸葛亮的祁山之败，对众人说道：“古人用兵，先明功罪赏罚。如今时事艰难，贤人君子半潜伏。余以义声倡导乡人，同履危亡之地，诸君初从我，非以利动，故于法难施，此其两次败衄之所以，其弊亦由此。”他奏陈实际情状，请求明辨责任。但清廷并未痛加谴责，却令他增募水陆之兵，建剿贼之功。
收复武昌
曾国藩又整军东下，七月朔日攻击岳州的太平军，并收复岳州。八月进攻武昌，收复该城。湖南、湖北的要地渐归官军掌握。然而，咸丰五年乙卯（日本安政二年）二月，武昌再次落到太平军手中，巡抚陶恩培为守城而死。太平军势力更大，罗泽南认为：“欲制东南大局，必以武昌为根据，苟未得之，徒百战亦有何效！”他单骑驰往曾国藩大本营所在的江西省南康府，讨论进击武昌的机宜，得到曾国藩的赞成，于是进入湖北，与胡林翼会师，攻打武昌。咸丰六年丙辰（日本安政三年），罗泽南中敌弹而死。胡林翼善战，于此年十一月终于得以收复武昌。从此湘军之势渐渐振作，隐然加重。李鸿章记载道：