日本学者吉村怜认为，这可能是一桩政治事件。第16窟比较主流的说法为北魏文成帝造像窟（文成帝即九宫系列中文帝原型），吉村怜推断说是文成帝皇后即文明太后冯氏对文成帝之子献文帝的报复，据传献文帝为冯太后毒杀。可是，这毕竟是文成帝的石窟，即便后来冯太后参政多年，她是文成帝皇后的事实也无法抹煞，拿着自己丈夫的地盘报复未免不合情理。
当然，也有可能是后来随着昙曜失势，武州山石窟寺作为皇家石窟的功能也丧失了，人们都能自由地进这些石窟刻像发愿，把原来石壁上的图像抹去再重刻，也不是不可能。不过，一般这种情况会再开龛造像刊文，而16窟东壁的这个现象很奇怪，被挖去的供养人像上面重刻了千佛，费时耗力，又没看到发愿的痕迹，不太像是个人会做的事。
而文成帝的这个石窟情况又比较特殊，其主像工程是昙曜五窟（即北魏五帝石窟）中最后完工的，而且完工时间推定为太和时期即云冈第二期晚期，已经接近孝文帝迁洛的时间段，这是一个让人相当疑惑的现象。按理说，文成帝亲令开凿昙曜五窟，对自己本尊造像不应该不上心，就算没修完，继位的献文帝也该接着赶紧修，实在不应该拖到那么后面，感觉是在某个政权交接或是斗争激烈期间，发生了什么事影响到16窟的工程进度（就供养人被切断的情况看甚至可能跟16窟本身有关），最后直到比较稳定的孝文中期才重新施工修好一样。