经过哥伦比亚地方法院多轮的听证、辩论和审理，1999年11月5日负责此案的法官公布了事实认定书，认定微软公司属于垄断公司，其行为在一定程度上压制了市场的自由竞争，损害了消费者的利益，并且指出微软公司利用它在计算机操作系统市场占有的统治地位，在竞争中伤害了其他有创造性的公司。认定书虽然不是正式判决，但正式判决都是以认定书作为依据的。即是说，事实认定书的公布基本决定了微软在此案中的命运。
1999年11月19日，法院对双方进行调解，希望促使双方能达成和解。但是由于双方意见分歧过大，经过四个月的调解后，以失败告终。2000年6月7日，哥伦比亚地方法院的托马斯·杰克逊法官对此案作出了正式判决，将微软公司一分为二，成为两家公司，一家公司专门负责生产和销售视窗操作系统，另一家公司则生产和销售应用软件和其他产品。后来法院还对微软公司的行为作出了规定和限制，包括严禁微软公司对其他竞争公司进行报复，要求微软视窗操作系统要实行统一定价，并且禁止微软公司在销售视窗产品时捆绑销售浏览器或其他产品等。