随着战争的深入发展，起义军的内部分裂日趋明显。圣杯派已夺取天主教会的教产，为了保护自己的既得利益，他们希望尽早结束进行了十多年的战争。圣杯派开始谋求与敌人谈判，相互勾结，伺机消灭塔波尔派。1433年，教皇和德国封建主与圣杯派秘密谈判并达成协议：允许俗人用圣杯领圣餐，已没收的教产可不归还。
1434年，圣杯派在天主教会和德国封建主的支持下，在里旁与塔波尔派进行会战。圣杯派方面拥有2万多步兵，几千名骑兵和600辆大车。塔波尔派拥有1万多步兵，800多名骑兵和360辆大车。双方进行了殊死的决战，但在战争的关键时刻，塔波尔军内部出现叛徒，结果惨败，大、小普罗可普阵亡，1万多塔波尔伤员被屠杀。至此，大规模的捷克农民战争失败了，不过，塔波尔城的斗争一直坚持到1452年。
胡斯战争具有重大的历史意义，它是欧洲首次以农民为主体的大规模的反罗马教廷的民族起义，给天主教会和德国侵略势力以沉重的打击，保证了捷克在一定的历史时期内保持政治的独立性。
胡斯战争期间，塔波尔派的思想传到捷克的邻国，促使这些国家在15—16世纪掀起反封建斗争的高潮。而胡斯的宗教改革思想对16世纪的德国马丁·路德的宗教改革产生了深远的影响，为马丁·路德的宗教改革提供了思想理论武器。